Il Veneto era terra d'acqua, ma anche terra di grandi contrasti. E così i Padovani e gli Scaligeri di Verona litigavano spesso per il possesso di Vicenza; e allora i Vicentini deviavano a Longare il corso del Bacchiglione, privando Padova delle acque del suo principale corso e ciò significava per Padova il blocco della navigazione interna, dei traffici commerciali e delle macine dei molini.
Queste continue sottrazioni d'acqua del Bacchiglione da parte dei vicentini corrispondevano inoltre anche ad una loro sempre maggiore ricerca di una via autonoma alla laguna indipendente dal controllo dei padovani.

E così i Vicentini nel 1143 iniziarono lo scavo del Canale Bisatto, un canale artificiale che partendo dal Bacchiglione a Longare proseguiva per Ponte di Barbarano, collegando i principali porticcioli fluviali della Bassa Padovana quali Albettone, Vo' Vecchio, Lozzo Atestino, Este e Monselice; qui via Pernumia si collegava al Canale di Pontelongo e quindi a Chioggia. Veniva così aggirata Padova e i traffici commerciali di Vicenza e di tutta la Bassa Padovana potevano arrivare direttamente al mare.

Stanchi di ciò i Padovani, nel 1314, decisero di costruire un canale di collegamento tra le acque del Brenta e del Bacchiglione, che da Limena, alle porte di Padova Nord, deviasse una parte delle acque del Brenta verso il tronco inferiore del Bacchiglione che entrava in città dall'area sud; cosicchè quando il nemico chiudeva le acque del Bacchiglione, i Padovani facevano scendere in città le acque del Brenta attraverso questo canale artificiale chiamato Brentella

Per impedire che le acque del Brenta, nei momenti di piena, scendendo violente attraverso il Brentella allagassero la città, i padovani costruirono a Limena i "Colmelloni" una barriera idraulica di importanza storica, mediante la manovra della quale veniva regolato il flusso delle acque del Brenta su Padova. A difesa di tale manufatto fu costruito un fortilizio sulla riva destra del Brentella; il Castello venne poi distrutto nel 1509 all'epoca della guerra di Cambrai.



Da opera militare ben presto il Brentella si trasformò in via navigabile e già verso la meta dell'800 si calcolava che in un anno circa 1500 imbarcazioni discendevano o risalivano la Brentella.

Oggi il percorso fluviale del Brentella è un percorso prettamente naturalistico navigabile con piccole imbarcazioni.